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(c-Myc inhibits myoblast differentiation and promotes myoblast proliferation and muscle fibre hypertrophy by regulating the expression of its target genes, miRNAs and lincRNAs,Cell Death and Differentiation,doi.org/10.1038/s41418-018-0129-0)
投稿人:丁鹏,贺喜
审稿人:张海涵
转录因子c-Myc是细胞增殖、分化和胚胎生成的重要转录调控因子。研究发现完整c-Myc 蛋白对成肌细胞分化形成肌管细胞具有抑制作用,但是目前对于c-Myc对于成肌细胞分化的分子机制依然了解较少。华南农业大学动物科技学院的张细权教授与聂庆华教授团队通过离体(鸡原代成肌细胞)和在体(鸡胸肌组织)实验研究发现c-Myc具有抑制肉鸡成肌细胞的分化,以及促进成肌细胞的增殖和肌纤维的生长的作用。
文章的亮点主要在于建立了一套分析转录因子调控的策略。即首先利用染色质免疫沉淀和高通量测序(ChIP-seq)技术广泛探究c-Myc结合在成肌细胞和肌管细胞基因组的位置信息。通过差异对比获得的位置信息分为3个部分进行深层次研究:1)对c-Myc锚定在启动子区域的基因进行分析。通过生物信息和转录组测序数据对基因进行筛选,分析以及验证。2)对c-Myc锚定在启动子区域的miRNA进行分析。候选miRNA通过基因注释及ChIP-qPCR验证分析,筛选c-Myc抑制型miRNA和c-Myc激活型miRNA进行功能验证;最后针对c-Myc抑制型miRNA进行miRNA锚定基因预测,并对锚定的下游基因及通路进行验证。3)对c-Myc锚定在启动子区域的基因间的lncRNA进行分析。简而言之,通过软件预测可以调控与肌肉分化相关的miRNA的候选lncRNAs,并筛选与多个肌肉分化相关miRNA有调控作用的lncRNA进行验证。文章通过以上3个策略步骤,从转录因子到基因到表型,转录因子到miRNA到基因到表型,转录因子到lncRNA到miRNA到表型对转录因子c-Myc调控成肌细胞分化以及肌纤维生长的机理进行阐释。以上研究结果以c-Myc inhibits myoblast differentiation and promotes myoblast proliferation and muscle fibre hypertrophy by regulating the expression of its target genes, miRNAs and lincRNAs为题发表在Cell Death and Differentiation上,全文链接https://doi.org/s41418-018-0129-0。
该研究作为一个研究转录因子调控的典型文章,利用家禽作为模式生物,建立了完整表型验证策略,且研究目标具有较好的实际生产意义。最为重要的是,本文为研究转录因子提供了很好的参考思路。
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