经济动物饲养业是一个独具特色、充满活力的新兴产业，已逐步成为农村经济一个十分活跃的新的增长点。经济动物饲养科学研究，不仅对保护生物多样性，保存和开发利用动物资源，满足人类多层次需求诸方面具有重要作用，而且还对促进动物健康、提高畜产品营养价值及卫生质量、保证人类健康和环境安全具有重要的学术价值、广阔的应用前景、显著的经济效益、社会效益和生态效益。湖南农业大学特种经济动物研究所就是在全国经济动物养殖业蓬勃发展的形势下于1995年应运而生的，湖南农业大学特种经济动物研究所，2005年更名为现名），1998年获得特种经济动物饲养专业硕士学位授予权。现已形成了特种经济动物资源评价、保护与利用，特种经济动物驯养繁育与规范化养殖，特种经济动物营养与饲料，特种经济动物疾病学与安全生产等4个较为稳定且颇具特色的分支方向，围绕经济动物养殖业发展中的重大问题和关键技术进行了大量研究工作。
    本所现有在职科研人员12人，其中教授3人、副教授5人；博士及在职博士生7名；现有在岗博士生导师1人，硕士生导师5人；还拥有一大批博士生和硕士生新生研究力量。近年来，针对我国南方动物资源的特点，以经济动物及特禽为研究对象，在多糖、寡糖、茶多酚、金属硫蛋白、小肽、氨基酸微量元素螯合物等生物活性物质的营养调控、经济动物驯养繁育、疾病控制与安全生产等领域做了大量研究工作。目前主持国际合作项目、国家自然科学基金项目、国家、省部级科技项目近20项。先后获省部级科技进步二等奖3项、三等奖5项；申请获国家发明专利5项（其中已获授权发明专利3项）；主持制定国家标准、国家行业标准和湖南省地方标准16项（其中已发布、实施13项）；在科学出版社等出版社出版了《现代生物技术与畜牧业》及《果子狸驯养与利用》等专著９部；在国内外学术刊物和国内外学术会议上发表300余篇论文（其中SCI5篇），产生了较好的社会效益和学术影响，在全国具有一定的优势和地位。并与日本国立鹿儿岛大学、美国康奈尔大学、加拿大Guelph大学、新西兰梅西大学和国内若干高校和研究单位建立了良好的合作与交流关系。